При создании домена по умолчанию включается ведение лога ошибок Apache. Он находится в вашем домашнем каталоге в директории domains/logs/имя_домена.error.log

В случае каких либо проблем с сайтом следует в первую очередь проверить этот файл на наличие записей о ошибках - сделать это можно подключившись по FTP и открыв файл для просмотра либо подключившись в сеансе SSH и выполнив команду cat ~/domains/logs/имя_домена.error.log

Так же есть возможность включить логи доступа для домена для этого следует выбрать Панель управления-Домены-Редактировать и отметить пункт Включить логи доступа к сайту (HTTP)

И подтвердить Сохранить изменения.

В файле domains/logs/имя_домена.log появится информация о посещениях домена включающие IP адрес клиента, дату и время посещения, запрашиваемую страницу, код ответа, размер отданной страницы и UserAgent запрашивающего клиента.

По данному файлу и по графикам нагрузки можно анализировать связанна ли нагрузка с возросшей посещаемостью или с индексацией ботами и к каким страницам обращались пользователи.

Просматривать его можно по аналогии с файлом ошибок.

Следует отметить, что если оставить опцию логирования включенной, возможен выход за пределы дисковой квоты - поэтому эту опцию следует включать либо на период тестирования, либо совместно с опцией Включить статистику awstats 

Это включит генерацию Web-статистики Awstats и ротацию логов раз в сутки, что предотвратит рост файла логов доступа.